Frankenstein kertoo jo varhain tieteistä kiinnostuneesta geneveläisestä Victor Frankensteinista, joka pyrkii yli inhimillisen tiedon rajojen. Victor haluaa saavuttaa jonkin merkittävän läpimurron, ja lähtee opiskelemaan luonnontieteitä Saksaan hänen äitinsä kuoltua, varakkaan perheensä luota. Hänelle kuitenkin selviää, että hänen nuoruudessa lukemansa tekstit ovat pahasti vanhentuneet. Niinpä hän joutuu aloittamaan aivan alusta.
Professorit ovat alkaneet kiinnittää vaikuttavaan nuoreen heppuun huomiota. Hän on oppinut lyhyessä ajassa valtavasti, ja heidän tietämättään puuhailee, katkeruutta äitinsä kuolemaa kohtaan tuntien, projektin -- jonka tarkoitus on luoda elämää keinotekoisesti -- parissa. Sen sijaan, että luomuksesta tulisi kaunis ihmisenkaltainen olio, luo Frankenstain pitkän, kammottavan, vihreän hirviön.
Hänen lapsuudenystävänsä Henry Clerval on tullut myöskin Ingolstadt'n yliopistolle opiskelemaan, ja seuraavana päivänä Victor pyytää tätä katsomaan -- ja näkemään hänen reaktionsa -- luomuksensa. Luomus ei ole kuitenkaan enää labrassa, vaan on kadonnut! Victorilla menee pakka sekaisin tapahtumasta, ja Clerval toimii hänen hoitajana neljän seuraavan kuukauden ajan.
Päästyään taas elävien kirjoihin, Victor saa kirjeen isältään: Veli William on murhattu. Saavuttuaan takaisin Geneveen Victor näkee Frankensteinin hirviön rikospaikan liepeillä ja vakuuttuu, että tämä on murhaaja. Samaan aikaan Williamin lastenhoitajaa syytetään murhasta, jonka taskusta oli löytynyt Williamin kultamedaljonki. Victor yrittää vakuuttaa, että Justine on syytön, vaikka sitä taida ketään uskoa. Oikeus tuomitsee hänet hirttotuomioon.
Victor murtuu tästä (Hän on syypää kahden ihmisen kuolemaan!) ja lähtee vaeltamaan vuorille. Vuorilla hän kohtaa itse pirun. Hirviö saa suostuteltua Frankensteinin kuuntelemaan hänen versionsa, ja niin hän lähtee vastahakoisesti seuraamaan hirviötä vuoristomökkiin. Hirviö kertoo.
Tässä pähkinänkuoressa otuksen näkökulma: Hän on elänyt ensimmäiset päivänsä erämaassa huomattuaan, että ihmiset ovat kauhuissaan ja aggressiivisia nähdessään hänet, mikä johti siihen että hän alkoi pysytellä piilossa. Asuessaan hylätyssä mökkiin yhdistetyssä rakennuksessa, hän ihastuu köyhän perheen elämään. Hän hakee polttopuita näille, tekee lumitöitä ja tekee öisin muita tehtäviä auttaakseen heitä. Otus oppii pikkuhiljaa heidän kieltään tarkkaillessaan talonväkeä, ja pihistää muutamia kirjoja, joita yrittää lukea. Hänelle kasvaa halu kohdata heidät, ja olla heidän kaveri.
Hän päättää näyttäytyä sokealle miehelle, kun muu talonväki on poissa. Perheen poika tulee kuitenkin pian takaisin, ja nähtyään olion, sekoaa tämä ja heittää ulos talosta. Seuraavana päivänä kummajainen on varma, että hänet on tuomittu olemaan syrjitty ja ihmiset eivät ikinä hyväksyisi häntä. Hän päättää lähteä Geneveen kohdatakseen luojansa, ainoan ihmisen, joka voi auttaa. Matkalla hän kuitenkin kohtaa lapsen, joka on joen virran vietävänä päättää pelastaa pojan. Nostettuaan hänet ylös, pojan isä näkee tilanteen ja luullen, että olio yrittää vahingoittaa hänen poikaansa, hän ampuu tätä. Hän vannoo kostoa ihmisille; tappaa Williamin ja lavastaa Justinen.
Olio vaatii Victorilta naisversion itsestään, jotta hänellä olisi joku. Hän lupaa olla koskaan näyttäytymättä ihmisille enää. Peläten perheensä puolesta, Victor suostuu.
Clerval seuraa Victoria Englantiin, johon tämä on mennyt toteuttamaan hankettaan, mutta Victorin vaatimuksesta he eroavat toisistaan. Victor epäilee, että olento seuraa häntä, ja työstäessään naisversiota, pelkää hän, että tästä luomuksesta tulisi vielä aggressiivisempi ja vaarallisempi kuin edellisestä. Vielä huolestuttavampaa olisi, jos laji lisääntyisi, voisi se olla vaaraksi koko ihmiskunnalle. Victor ei halua ottaa sitä riskiä -- hän tuhoaa keskeneräisen projektinsa. Olento tunkeutuu Victorin asuntoon ja uhkailee Victoria jatkamaan luomustyötään, mutta Victor on vakuuttunut, että jos edellinenkin on paha, on seuraavakin paha. Hirviö suostuu lähtemään, mutta sanoo vielä pari sanaa: "Tulen olemaan paikalla hääyönäsi."
Victor lähtee merelle hävittääkseen kemianvälineensä, mutta tuulen kääntyessä hän ei voikaan palata takaisin rantaan ja nukahtaa veneeseen. Herättyään hän saa tietää olevansa Irlannissa ja pidätetty Henry Clervallin murhasta. Hirviö oli kuristanut Clervallin ja jättänyt hänet sinne, mihin hänen luojansa oli rantautunut. Victor kamppailee läpi toisen henkisen romahduksensa, ja oikeastaan tajuaa vasta myöhemmin olevansa vankilassa.
Hänet on kuitenkin todistettu syyttömäksi. Victor palaa kotiinsa isänsä, joka on tullut Irlantiin kanssa. Kotimaassaan Victor menee naimisiin Elizabeth Lavenzan kanssa ja vannoo tuhoavansa hirviön lopullisesti! Häitä seuraavana iltana Victor pyytää Elizabethia jäämään huoneeseensa, kun itse lähtee etsimään "pahuutta". Hänen tutkiessa taloa, olento kuristaa Elizabethin. Victor näkee ikkunasta olennon, joka osoittaa pilkallisesti Elizabethin ruumista; Victor yrittää ampua häntä, mutta olento pakenee.
Hänen heikentynyt isänsä kuolee parin päivän kuluttua tapauksesta. Victor Frankenstein lähtee rakkaimpansa tappaneen hirviön perään. He matkaavat halki Euroopan ja Venejän, päätyvät lopulta Pohjoisnavalle, hirviön pysyessä aina askeleen edellä. Lopulta jäälautta Victorin alla halkeaa osiin, ja sattumalta lautta osuu kapteeni Waltonin laivan kohdalle.
Victor kertoo tarinan kokonaisuudessaan ja puhkuu vihaa. Waltonin tutkimusretkialus jää kiinni jäähän. Waltonin miehistön jäseniä kuolee kylmyyteen. Lopulta muu miehistö vaatii, että heti kun alus saadaan liikkeelle, on nokka nostettava kohti kotia. Miehistön vaatimukset kuultuaan Victor suuttuu ja tilastaan huolimatta pitää heille terävän puheen.
Vaikka puhe tekee vaikutuksen miehistöön, se ei kuitenkaan riitä, että heidän mielensä muuttuisi, ja laivan vapautuessa Walton päättää pahoitellen palata etelään. Victor, vaikka hän onkin erittäin heikkokuntoinen, sanoo jatkavansa yksin. Hän on vakaasti sitä mieltä, että luomuksen täytyy kuolla. Victor kuolee pian sen jälkeen. Hän on viimeisillä sanoillaan vannonut kapteenille, että olion kuoltava.
Walton löytää olennon aluksestaan, joka suree Victorin ruumista. Olento kertoo Waltonille, että Victorin kuolema ei ole tuonut hänelle rauhaa; pikemminkin hänen rikoksensa ovat tehneet hänestä vielä kurjemman kuin Victor koskaan oli. Olento vannoo tappavansa itsensä, jotta kukaan muu ei koskaan saisi tietää hänen olemassaolostaan.
Kapteeni Walton katselee, kuinka olio lipuu pois jäälautalla. Kaiken tämän Walton kertoo lähettämissään kirjeissä sisarelleen.